Misteriosa e un po’ impressionante, la cripta della chiesa parrocchiale di
San Pelagio e San Massimo è l’unica cripta storica in
Istria e una delle poche presenti in Croazia. Fu costruita su modello di quella ad Aquileia, il che permise agli studiosi dei monumenti di cultura di datarla nell'epoca carolingia, a cavallo fra l'VIII e il IX secolo, confermando con ciò ancora una volta i legami importanti della Cittanova medievale con lo Stato franco e il circolo culturale carolingio.
La cripta di Cittanova è in realtà una sala su quattro colonne, presenta volte a crociera e vi si accedeva, passando dai lati della navata principale, per due scalinate strette. Dentro si trovava un sarcofago con le reliquie del patrono della città San Pelagio, martire della prima epoca cristiana che secondo la leggenda neanche sotto tortura volle rinunciare alla sua fede.
Nel corso delle ultime ricerche e restauri dal 1996 al 1999 nella cripta furono ritrovati anche numerosi
monumenti in pietra che oggi si conservano al
museo Lapidarium.