Geheimnisvolle und etwas beängstigende Krypta der Pfarrkirche der
Hl. Pelagius und Hl. Maximus in Novigrad ist die einzige historische Krypta in
Istrien und eine der wenigen in Kroatien. Sie wurde anhand des Vorbilds jener in Aquileia gebaut, was den Forschern kultureller Denkmäler ermöglichte, dass sie diese zur Ära der Karolinger datieren, am Übergang aus dem 8. ins 9. Jahrhundert und damit noch einmal die wichtigen Verbindungen des mittelalterlichen Novigrad mit dem Fränkischen Reich und dem Kulturkreis der Karolinger bestätigen.
Die Krypta von Novigrad ist eigentlich ein Saal auf vier Pfeilern, sie hat gekreuzte Gewölbe und zu ihr führten von den Seiten des Hauptschiffs zwei enge Treppenhäuser. In ihr befand sich der Sarkophag mit Reliquien des Sarkophag mit Reliquien des Stadtpatrons St. Pelagia, einem frühchristlichen Märtyrer, welcher sich laut Legende auch unter Schmerzen nicht seines Glaubens entsagen wollte.
Während der letzten Forschungen und der Restaurierung von 1996 bis 1999 wurden in der Krypta auch zahlreiche mittelalterliche steinerne Denkmäler gefunden, welche heute im
Museum Lapidarium aufbewahrt werden.